Pécs elsőrendű kultúrájánál fogva a legkedvezőbb talaj volt az egyházi reform-eszmék befogadására és meggyökeresedésére.

A Németországból jött reformáció tanai fogékony hívekre leltek, Pécsett is gyorsan terjedt a protestantizmus.

Feltehetőleg az 1540-es esztendőkben a híveknek volt egyházi szervezetük és evangélikus iskola is működött itt. A törökök kiűzése után az evangélikus egyház nem tarthatta magát fenn. Lipót idejében a római katolikus papság hatalmának tetőfokára, a protestánsok pedig szomorú sorsra jutottak hazánkban. Az evangélikus vallás újbóli elterjedése Baranyában a XIX. század első éveire esik. Az első telepes 1804-ben jött Magyarbólyba. 1815-ben többen követték, magukkal hozva a német ajkú evangélikus ősöktől örökölt egyházias lelkületet. 1845. szeptember 29-én tartott pécsi kongregáció kimondta, hogy Magyarbóly az országos törvények értelmében anyaegyháznak tekinthető és lelkészt választhat. Roykó Károlyt a gyülekezet első lelkészeként 1846. március 26-án iktatták be hivatalába. Ebben az időben az egyházközség 900 hívet számlált, ide tartozott csekély lélekszámmal Pécs is. Az első pécsi letelepedő Nendtvich Tamás gyógyszerész volt 1804-ben. Tudatában volt magasztos hivatásának, hogy rá vár a pécsi egyház megalapításának feladata.

A fehér-vörös erezetű fekete márványból készült keresztelő követ 1875-ben vette a gyülekezet. Az orgona készítésével a pécsi orgonaépítőt, Angster Józsefet bízták meg. A híres orgonakészítőnek ez a 6 regiszteres, egy pedálos orgona volt a tizenhatodik alkotása. Az oltárkép Madarász Viktor festőművész munkája. A kép árának előteremtési gondját a nemes Nádosy család levette a gyülekezet válláról. 1880. március 25. óta dísze templomunknak. Rueprecht János 1907-ben két harangot ajándékozott a gyülekezetnek, a harmadikat közadakozásból vették meg. Felszentelési ünnepélyük 1907. október 27-én volt.

Baldauf Gusztáv lelkész 1917-től haláláig, 1931-ig szolgált gyülekezetünkben. Ő teremtette meg az alapjait a róla elnevezett szeretetotthonnak, amelyben idős emberek gondozása folyik. Ez a szolgálat jelenleg Pogányban, az országos egyház fenntartása alatt zajlik.

A lelkipásztori szolgálatot Takó István folytatta 1931-től 1944-ig, őt Káldy Zoltán követte. A háború utáni időszak az ébredés és evangélizációk időszaka Pécsett. Káldy Zoltán karizmatikus személyisége nagyban hozzájárult a pezsgő gyülekezeti élet létrehozásához. Káldy püspökké választása után Balikó Zoltán lett a gyülekezet lelkésze, aki 1990-ig volt az egyházközség parókusa. 1990. óta a gyülekezet megválasztott lelkésze Varsányi Ferenc. Az 1999-ben létrehozott második parókusi állásra Sefcsik Zoltánt választották meg, 2002. és 2004. között Baranyay Csaba töltötte be ezt a tisztséget.

1977. és 1983. között Szabó Lajos, 1985. és 1990. között Varsányi Ferenc, 2002-2004 között pedig Baranyayné Rohn Erzsébet töltötte be a gyülekezet másodlelkészi állását.

2007- 2014-ig szolgált a gyülekezetben Németh Zoltán lelkész.

2012. október óta a gyülekezetben szolgál Ócsai Zoltán lelkész. Mellette 2016. augusztusától beosztott lelkészként, majd 2018. augusztusától megválasztott parókus lelkészként Hajduch-Szmola Patrik, és 2017. augusztusától Kovács Barbara lelkészek szolgáltak. Az igazgató lelkészi feladatokat Ócsai Zoltán látja el, mellette beosztott lelkészként szolgál 2022. augusztusától Manhardtné Szlovák Katalin.

Gyülekezetünk parókus lelkészei:

1. Jeskó Lajos 1868-1908
2. Porkoláb Gyula 1908-1915
3. Baldauf Gusztáv 1917-1931
4. Takó István 1931-1944
5. Káldy Zoltán 1945-1958
6. Balikó Zoltán 1959-1990
7. Varsányi Ferenc 1990-2010
8. Sefcsik Zoltán 1999-2002
9. Baranyay Csaba 2002-2004
10. Németh Zoltán 2007-2014
11. Ócsai Zoltán 2012-
12. Hajduch-Szmola Patrik 2016-2022
   

Gyülekezetünk egykori másodlelkészei:

   Szabó Lajos                            1977-1983

   Varsányi Ferenc                     1985-1990

   Baranyayné Rohn Erzsébet  2002-2004